同じデザインをウェアの色にあわせてプリント色を変えられますか？

はい、変えられます。
下記の図説(シルクプリントの場合)のように、デザインとプリント位置が同じ場合です。この場合、インクの色替料(1回1色につき1,100円プラス)が別途かかります。同じデザインでもプリントの位置を変更して制作(胸のデザインを背中にプリントなど)することは位置によって可能な場合がありますが、新たに版代が必要となる場合もありますので、必ず事前にご確認ください。