Ｔシャツの色にあわせてプリント色を変えられますか？その場合、版代は別途必要ですか？

大丈夫です。デザインとプリント位置が同じなら、版代も不要でプリント色を変えられます。
こういうときは、インクの色変更料（１回１色につき）1,100円プラスで可能です。また同じデザインでもプリントの位置を変更して制作することも可能ですが、位置によって新たに版代が必要となる場合がございますので、必ず事前にご確認してください。